Tùy thuộc vào tác giả ước đoán, có từ 3% đến 30% trong tổng số các trường hợp vẫn còn chưa thể giải thích nổi. Một vài trong số những giả thuyết phổ biến nhất cho những sự kiện UFO chưa thể giải thích nổi là:

• Giả thuyết sinh vật ngoài Trái Đất viếng thăm (phổ biến nhất).
• Giả thuyết huyền bí.
• Giả thuyết cỗ máy thời gian hay khí cụ bay do tương lai gửi đến.

Tương tự, những người theo phe phản đối cũng đưa ra các giả thuyết:

• Giả thuyết tâm lý xã hội
• Giả thuyết các hiện tượng tự nhiên có thể giải thích được, ví dụ sét hòn
• Giả thuyết khí cụ bay nhân tạo (xem đĩa bay quân sự)

Thường thì hơn một cách giải thích- kết hợp nhiều giải thuyết nêu trên được trích dẫn để giải thích cho đa số các trường hợp.